Antes de que existiera Cruel, antes de que se construyera el Laberinto y mucho antes de que Thomas ingresara al Área, las llamaradas solares azotaron la Tierra y destruyeron el mundo que la Humanidad daba por sentado. Mark y Trina estaban allí cuando esto ocurrió, y sobrevivieron. Pero sobrevivir a las llamaradas fue sencillo, comparado a lo que vendría después. Ahora una enfermedad que nubla la mente con ira y dolor, se expande por todo el territorio y hay algo muy sospechoso sobre su origen.
Cuando Thomas se despierta en el ascensor, la única cosa que puede recordar es su primer nombre. Su memoria esta en blanco. Pero no está solo. Cuando la puerta del ascensor se abre, Thomas se encuentra a si mismo rodeado de de chicos que le dan la bienvenida a El Claro una enorme y abierta llanura rodeada de murallas de piedra.
Justo como Thomas, los habitantes del claro no saben cómo o por qué llegaron a El Claro. Todo lo que saben es que cada mañana las puertas de piedra que dan al laberinto que los rodea se han abierto. Y que cada noche se han cerrado apretadamente, y que cada treinta días un nuevo chico es entregado en el ascensor. Thomas era esperado. Pero al día siguiente, una chica es enviada, la primera chica que ha llegado al Claro en todo este tiempo. Y más sorprendente aun es el mensaje que viene a dejar.
Thomas podría ser más importante de lo que alguna vez imaginó. Si tan sólo pudiera liberar los oscuros secretos enterrados dentro de su mente.
El Laberinto sólo era el comienzo....
Resolver el laberinto se suponía que era el final. No más pruebas, no más huidas. Thomas creía que salir significaba que todos recobrarían sus vidas, pero ninguno sabía a qué clase de vida estaban volviendo. Árida y carbonizada, gran parte de la tierra es un territorio inservible. El sol abrasa, los gobiernos han caído y una misteriosa enfermedad se ha ido apoderando poco a poco de la gente. Sus causas son desconocidas, su resultado, la locura.
En un lugar infestado de miseria y ruina, y por donde la gente ha enloquecido y deambula en busca de víctimas, Thomas conoce a una chica, Brenda, que asegura haber contraído la enfermedad y estar a punto de sucumbir a sus efectos. Entretanto, Teresa ha desaparecido, la organización CRUEL les ha dejado un mensaje, un misterioso chico ha llegado y alguien ha tatuado unas palabras en los cuellos de los clarianos. La de Minho dice «el líder», la de Thomas, «el que debe ser asesinado».
Thomas no puede confiar en CRUEL. La organización le robó sus recuerdos y lo encerró en el Laberinto. Luego lo dejó al borde de la muerte, en el Desierto. Y lo separó de los Habitantes, sus únicos amigos. Ahora CRUEL asegura que el tiempo de las mentiras ha terminado. Con toda la información que reunió gracias a las Pruebas, está en condiciones de avanzar en la cura de la Llamarada. Pero Thomas debe pasar por la Prueba Final. ¿Logrará sobrevivir al procedimiento? ¿Será cierto que se terminaron las mentiras? Quizá la verdad sea más terrible aún... una solución letal, sin retorno.